绿色技术创新是经济高质量发展的主要推动力，准确测算黄河流域工业绿色技术创新效率并把握其区域差异的原因，才能精准有效推动黄河流域工业绿色技术创新效率的协同提升。基于DEA框架中的超效率EBM模型测算黄河流域工业绿色技术创新效率，采用Dagum基尼系数法测度了其区域差异，运用QAP方法深入探究造成其差异的主要原因。研究表明：黄河流域的工业绿色技术创新效率呈现波动上升趋势，并具有区域和省际差异，这种差异呈现出先上升后下降的“倒U型”变化态势。专利申请数量、新产品销售收入、一般工业固体废弃物产生量是造成区域差异的主要原因。在新时代绿色发展和创新驱动引领黄河流域经济社会高质量协调发展的背景下，促进黄河流域的工业绿色技术创新效率的协调提升，具有重要现实意义。